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该序列能否被其他生物的相应序列替代而混淆物种鉴定是一个悬而未决的问题。
在十二号染色体的组装过程中，编码核糖体秋月康秀RNA区域首先被完整地保留下来，接着在合成染色体
上完全去除，最后在基因组多个不同位置上利用修饰过的rDNA单元进行了再生。
研究组利用贝酵母（Saccharomyces bayanus）的内部转录间隔区序列成功重建并获得没有显著
表型缺陷的酵母。该酵母按照DNA分子标签可以被鉴定为贝酵母，但其基因组中所有其他序列都来源于酿酒酵母。